Project X to gra o naukowej ciekawości, intrydze, tajnych społecznościach, okultyzmie, a także odkrywaniu ludzkiej natury w tragicznych sytuacjach. Gracz będzie prowadzony przez fotorealistyczne środowiska starego wiktoriańskiego pałacu zamienionego w ratusz, kanalizację miejską, szpital i tajne laboratorium. Zakończy się to brawurową ucieczką z eksplozją w tle. Gra śledzi losy dziennikarza śledczego, który wplątał się w spisek wokół eksperymentów z bronią biologiczną. Na początku opowieści traci on pamięć i musi powoli odzyskiwać fragmenty dotyczące przebiegu epidemii, a także informacje o sobie jako człowieku. Do końca gry odzyskuje pamięć i w zależności od naszych poczynań dowiemy się, co zamierzał zrobić z informacjami ze śledztwa - wejść na bardziej egoistyczną ścieżkę sprzedaży informacji, ratować się ucieczką, czy powstrzymać epidemię zanim do niej doszło.